上古时期，创世女神女娲娘娘化生万物，又以自己的模样抟土造人，被称为大地之母。随着人族的繁衍生息，社会开始动荡。共工氏族和祝融氏族素来水火不容，两族为了自己一族的尊荣大战于不周山。共工不敌祝融，羞愤之下怒撞不周山，致使不周山倒塌。那不周山原是撑天的巨柱，山一倒下，天便塌了一个窟窿，地也裂出沟壑。天河之水倾泻而下，洪水从地底喷涌而出，龙蛇猛兽，妖魔鬼怪肆虐横行，人族面临空前大灾难。
女娲娘娘不忍生灵涂炭，于是以自身灵力炼化五色石子，用以补天之窟窿。又斩神鳖之四足以撑天地四极，杀妖魔鬼怪，平息洪水，终于换来万灵喘息，得以繁衍生息。
以女娲娘娘自身灵力而炼化的五色石子，还剩余三块。一块掉入地裂中的火山岩浆中，吸收了至阳至刚的混沌之火，变得通体火红，威力巨大，可毁天灭地；另外一块被洪水卷入了地底深壑，深埋于坑洞中，吸收了地底至阴至寒之气与大地灵气，变得洁白晶莹，可复苏万物；最后一块落在天河之水沉积而形成的海域中，吸收了日月天地及水之精华，灵气充盈，变得淡蓝通透，已经具有了灵性。
三块石子经过数万年的沉积，成为了世间最为罕见的强悍灵石。埋藏灵石的地方，也渐渐出现了异象。女娲娘娘感知到那些灵石灵力的存在，大为震惊。
如同当初共工氏族和祝融氏族的争斗一样，人族也已经察觉到灵石的存在。他们纷纷朝着灵石的隐藏地点进发，为了夺取灵石，在人族之间展开了一场场异常激烈的争夺战。而魔族和修炼灵力的异族也开始蠢蠢欲动。
女娲娘娘因炼化五色石子而灵力大损，虽然觉察到世间的异动，却又无法亲身阻止这一场大灾难。一番斟酌权衡之后，女娲娘娘派出自己的神兽麒麟、白矖、腾蛇以及白泽去往人间寻找三块灵石。同时，她为了妥善保管灵石，在倒塌的不周山上布下了结界，利用其混沌之气变幻出娲皇秘境。女娲娘娘又命令座下灵兽：火凤凰栖天、扶桑灵鸾青璃、三眼金蛇族金夔、海月神龟族碧海神龟，玄冥蛇龟苍垩以及月落岛月灵幻蝶，一起守护娲皇秘境。
神兽麒麟、白矖、腾蛇以及白泽去往人间寻找三块灵石，虽然经历万般磨难却也不辱使命，将三块灵石带回娲皇秘境。而这，才是故事的开始。
三块灵石将会面临怎样的命运，守护灵石的灵兽又会面临怎样的诱惑，结果又将如何......